(1)由豆科作物接種劑向非豆科作物肥料轉化；
(2)由單一接種劑向復合生物肥轉化；
(3)由單一菌肥向復合菌種轉化；
(4)由單一功能向多功能轉化；
(5)由用無芽胞菌肥生產向用有芽胞菌種生產轉化等趨勢。
不僅如此，近20年來，許多更認識到微生物肥料作為活的微生物制劑，其有益微生物的數量和生命活動旺盛與否是質量的關鍵，是應用效果好壞的關鍵之一。為此，現已有許多建立了行業或標準及相應機構以檢查產品質量。我國也制定了農業部標準和成立微生物質量檢測中心，并已于1996年正式對微生物肥料制品進行產品登記、檢測及發放生產許可證等工作。